Ο οισοφάγος είναι από πλευράς φυσιολογίας, ένα ιδιαίτερα πολύπλοκο όργανο, όχι απλά ένας μυϊκός σωλήνας που μεταφέρει παθητικά την τροφή. Η σωστή λειτουργία του εξαρτάται από τον ακριβή συγχρονισμό διαφορετικών τμημάτων του. Καθώς η κύρια λειτουργία του είναι η μεταφορά τροφής από τον φάρυγγα στο στομάχι,  διαταραχές στην κινητικότητα του μπορεί να οδηγήσουν σε εισροφήσεις, δυσκολία κατάποσης και αδυναμία χαλάρωσης του κατώτερου οισοφαγικού σφιγκτήρα. Όλα αυτά τα συμπτώματα μπορούν να διερευνηθούν με τη μανομετρία οισοφάγου.

Ο ανώτερος οισοφαγικός σφιγκτήρας είναι μια περιοχή υψηλής πίεσης μεταξύ του φάρυγγα και του οισοφάγου. Παραμένει σε σύσπαση ώστε να αποτρέπει την ακούσια είσοδο αέρα στο γαστρεντερικό, την αναγωγή τροφής και την εισρόφηση στους πνεύμονες. Όταν φτάσει η μασημένη τροφή στον φάρυγγα, ενεργοποιούνται αντανακλαστικά τα οποία προκαλούν χαλάρωση του ανώτερου οισοφαγικού σφιγκτήρα, ενώ ταυτόχρονα η επιγλωττίδα καλύπτει τον λάρυγγα για να αποτρέψει την είσοδο τροφής στην τραχεία. Στη συνέχεια ξεκινάει συγχρονισμένη σύσπαση του οισοφάγου που λέγεται περισταλτισμός

• Πρωτοπαθές Περισταλτικό Κύμα :Η τροφή που εισέρχεται στο ανώτερο τμήμα του οισοφάγου ξεκινά συγχρονισμένη σύσπαση του οισοφάγου, ο οποίος προωθεί την τροφή προς τον κατώτερο οισοφάγο και τον κατώτερο οισοφαγικό σφιγκτήρα.
• Δευτεροπαθές Περισταλτικό Κύμα: Αν η τροφή “κολλήσει” στον οισοφάγο, τότε η τοπική διάταση των μυϊκών ινών ενεργοποιεί αντανακλαστικό, το οποίο δημιουργεί τοπική περίσταλση και προωθεί περαιτέρω την τροφή προς το στομάχι.
• Τριτοπαθές περισταλτικό κύμα: Πρόκειται για μη συγχρονισμένη σύσπαση του οισοφάγου, και είναι ενδεικτικό διαταραχής κινητικότητας. Περαιτέρω διερεύνηση απαιτεί μανομετρία οισοφάγου.

Το περισταλτικό κύμα του οισοφάγου, είναι μια πολύ συγχρονισμένη διαδοχική σύσπαση των μυϊκών ινών του οισοφάγου. Καθώς το σημείο που βρίσκεται η τροφή συσπάται για να την προωθήσει, το επόμενο τμήμα χαλαρώνει για να την υποδεχτεί, και στη συνέχεια συσπάται κι αυτό προωθώντας την τροφή στο παρακάτω τμήμα το οποίο έχει στο μεταξύ χαλαρώσει. Με αυτό τον τρόπο η τροφή προωθείται από τον ανώτερο οισοφαγικό σφιγκτήρα στον κατώτερο οισοφαγικό σφιγκτήρα και στη συνέχεια στο στομάχι σε μερικά δευτερόλεπτα.

Ο κατώτερος οισοφαγικός σφιγκτήρας σε συνδυασμό με την πίεση του διαφράγματος κρατούν κλειστό τον κατώτερο οισοφάγο και αποτρέπουν την παλινδρόμηση γαστρικών υγρών. Η άφιξη ενός περισταλτικού κύματος και της τροφής προκαλεί αντανακλαστική χαλάρωση των μυϊκών ινών του σφιγκτήρα και την είσοδο της τροφής στο στομάχι. Στη συνέχεια συσπάται πάλι για να αποτρέψει την παλινδρόμηση γαστρικών υγρών και τροφής. Ο κατωτερος οισοφάγος έχει επίσης τη δυνατότητα να χαλαρώνει παροδικά για να επιτρέψει την έξοδο αέρα με το ρέψιμο (Transient Lower Oesophageal Sphincter Relaxation). Ο μηχανισμός αυτός έχει ιδιαίτερη σημασία στην λαρυγγοφαρυγγική παλινδρόμηση.